Обучение на докторанти се извършва по индивидуални учебни планове, включващи специализирани курсове, изпити, педагогическа дейност и защита на дисертационен труд. В университета се обучават докторанти по 15 от всички акредитирани научни специалности.
Темите за обучение в редовна и задочна докторантура се обявяват ежегодно и еднократно със заповед на Министъра на отбраната на Република България.
Акредитирани докторски програми в Национален военен университет "Васил Левски"
| Наименование | Акредитирана до: | Оценка | Професионално направление |
| Организация и управление извън сферата на материалното производство (сигурност и отбрана) | 14.01.2021 г. | 9,17 | 3.7 Администрация и управление |
| Автоматизирани системи за обработка на информацията и управление | 22.11.2025 г. | 9,15 | 5.2 Електротехника, електроника и автоматика |
| Радиоелектронни и комуникационни системи в авиацията | 22.11.2024 г. | 8,33 | 5.2 Електротехника, електроника и автоматика |
| Радиолокация и радионавигация | 22.05.2021 г. | 9,16 | 5.2 Електротехника, електроника и автоматика |
| Автоматизирани системи за обработка на информация и управление | 09.12.2022 г. | 9,23 | 9.23 Комуникационна и компютърна техника |
| Комуникационни мрежи и системи | 09.12.2022 г. | 9,22 | 9.22 Комуникационна и компютърна техника |
| Радиолокация и радионавигация (Факултет Артилерия,противовъздушна отбрана и комуникационни и информационни системи) | 03.07.2021 г. | 9,03 | 9.03 Комуникационна и компютърна техника |
| Проектиране и конструиране на автоматични и пилотирани летателни апарати | 13.12.2024 г. | 8,72 | 5.5 Транспорт, корабоплаване и авиация |
| Технология за производство на летателни апарати | 21.12.2023 г. | 8,38 | 5.5 Транспорт, корабоплаване и авиация |
| Динамика, балистика и управление на полета на летателни апарати | 13.12.2024 г. | 8,87 | 5.5 Транспорт, корабоплаване и авиация |
| Динамика, балистика и управление на полета на летателни апарати | 14.07.2023 г. | 9,12 | 5.13 Общо инженерство |
| Техника и технология на взривните работи | 28.07.2023 г. | 9,3 | 5.13 Общо инженерство |
| Колесни, верижни машини и логистика | 28.07.2023 г. | 9,24 | 5.13 Общо инженерство |
| Строителни, пътни и специални машини | 28.07.2023 г. | 9,25 | 5.13 Общо инженерство |
| Техника и технологии за защита на населението и критичната инфраструктура | 28.07.2022 г. | 8,86 | 5.13 Общо инженерство |
| Управление на системи за сигурност | 19.07.2021 г. | 8,78 | 9.1 Национална сигурност |
| Организация и управление извън сферата на материалното производство“ (национална сигурност) | 19.07.2022 г. | 9,46 | 9.1 Национална сигурност |
| Военнополитически аспекти на сигурността | 19.07.2021 г. | 8,76 | 9.1 Национална сигурност |
| Организация и управление на въоръжените сили | 03.07.2021 г. | 9.3 | 9.2 Военно дело |